Khi kho có cả xe tự hành, băng tải và xe có người lái, cần một lớp phần mềm điều phối chúng: hệ thống điều khiển kho (WCS).
WCS nhận lệnh từ hệ thống quản lý kho (WMS/ERP), giao nhiệm vụ cho từng thiết bị, theo dõi trạng thái và xử lý ưu tiên. Thiết kế WCS đúng ngay từ đầu giúp mở rộng tự động hóa từng bước mà không phải làm lại.